弊社ではシングルセルRNA/ATAC-seqを実施したことがある方から初めて解析を行う方まで幅広く対応させていただきます。
Consulting
シングルセル解析ではサンプル(細胞や核)のクオリティが最も重要です。
事前に細胞や核の単離条件を検討する必要があり、シングルセル解析に適したサンプルを準備できるようコンサルティングを実施します。
シングル核RNA-seqの場合は凍結組織から核の単離を行うことができますが、組織によっては組織を分散する際に多くのデブリスが発生し、核の単離に加えてデブリスを除去する操作が必要となる場合があります。
CXではこれまでの経験をもとに各々のサンプルに適した条件をご提案します。
また、バイオインフォマティクス解析においても、お客様の研究目的に沿った解析方法の提案および解析の実施、解析データの解釈といったコンサルティングも実施しています。
デブリス除去前の核懸濁液 | デブリス除去後の核懸濁液 |
Cell/Nuclei quality check
いくつかの基準を元にお客様にご準備いただいたサンプルがシングルセル解析に適しているか評価を実施し、ライブラリ作製へと進みます。
Library
10x社のChromium Xを使用し、シングルセル解析用のNGSライブラリを作製します。
Chromium Xは分子バーコードおよびマイクロ流路技術を採用し、シングルセル解析を可能にしています。
Sequencing
価格やご希望に応じてDNEBSEQまたはNovaSeqでのシークエンスを実施しております。
シーケンサーのご希望がある場合には事前にご相談ください。
Library
スタンダードなプランはCell Ranger解析までとなりますが、ご希望に合わせてCell Ranger以降の解析も承りますのでお気軽にお問い合わせください。