Visium空間的トランスクリプトーム解析は、病理切片組織を用いて細胞の2次元の空間的情報と共にmRNAの情報を取得することができる解析です。組織全体の遺伝子発現プロファイルを網羅的に解析することができるため、多くの細胞解析に比べ、より高度な情報を得ることができます。疾患の予防や病理学に貢献することが期待されています。
Visiumとは?
サービスの概要および特色
CXは病理切片作製から情報解析までワンストップサービスを提供いたします。
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お客様のニーズに合わせていくつかの作業ステップを組み合わせた実施も可能です。
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sectioning
凍結ブロックまたはFFPEブロックから組織切片の作製も承ります。
薄切作業に必要な設備をお持ちでない場合など、お気軽にお問い合わせください。
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staining and imaging
immunofluorescence (IF) 染色またはHematoxylin & Eosin (H&E) 染色を実施した切片を用いて解析が可能です。
弊社ではH&E染色を実施した切片を用いています。
10x社推奨の染色プロトコルに沿って、染色作業を行います。
染色画像の取得においても10x社推奨の基準に従い高画質の画像を取得します。
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マウス腎臓 | マウス眼球 | マウス肺 |
library
ライブラリ作製には10x社のCytAssistを使用しています。CytAssist内で組織切片とVisiumスライドを重ねることで、遺伝子の位置情報をより正確に反映します。
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sequencing
価格やご希望に応じてDNEBSEQまたはNovaSeqを用いたシークエンスを実施しております。
シーケンサーのご希望がある場合には事前にご相談ください。
informatics
スタンダードなプランはSpaceRanger解析までとなりますが、ご希望に合わせてSpaceRanger以降の追加解析を承りますので、お気軽にお問い合わせください。
データ解析例
準備中
価格
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サンプル要件
納品物
実施内容
- シーケンサー:DNBSEQ-G400RS、NovaSeq6000
- 取得リード数:600M reads/検体 (解析対象の組織の大きさにより変動あり)
納品物
- 作業報告書(サンプルQC〜ライブラリ調製)
- fastqファイル
- 画像ファイル
- 解析結果Summary(データ解析までの場合)